Yeşil floresan protein ifadeleyen escherichia coli hücre fabrikalarda fenotipik heterojenitenin adaptasyona etkisi
| dc.contributor.advisor | Engin, Evren Doruk | |
| dc.contributor.author | Ertüzün, Seniha Gözde | |
| dc.contributor.department | Other | tr_TR |
| dc.date.accessioned | 2023-12-27T11:13:54Z | |
| dc.date.available | 2023-12-27T11:13:54Z | |
| dc.date.issued | 2021 | |
| dc.description.abstract | Gelişen Biyoteknoloji uygulamalarının getirdiği en büyük katkılardan biri heterolog protein üretimidir. Sentetik biyoloji ve genetik mühendisliği sayesinde heterolog protein eldesi için kolay manipüle edilebilen, hızlı, düşük maliyetli ve yüksek verimli mikrobiyal hücre fabrikaları üretimi mümkün hale gelmiştir. Mikrobiyal hücre fabrikalarından elde edilen birçok kimyasal ve bileşen, endüstriyel ve sağlık sektörleri başta olmak üzere birçok alanda rol almaktadır. Hücre fabrikaların oluşturulmasında kullanılmak üzere kurgulanan hücrelerin gürbüz, yüksek biyokütle ve verime sahip olmalarının yanında ürettikleri peptidlerin fonksiyonel ve çözünür nitelikte olmaları büyük önem taşır. İfadelenecek gen her ne kadar rasyonel tasarımlarla hücreye aktarılmış olsa da hücre bankalarının istenilen özelliklerde oluşturulması büyük ölçüde evrimsel süreçler ile mümkün olmaktadır. Bu tez çalışmasında, T7 promotörü kontrolünde yeşil floresan protein üreten ΔrecA ve ΔmutS genotipe sahip E. coli hücre fabrikaları elde edilmiştir. Hücrelerin düşük ve yüksek heterolog rekombinant protein ifade heterojenitesi gösterdikleri fermantasyon koşulları optimize edilmiş ve bu koşullarda pasajlar boyunca indüklenen kültürlerin proteomik ve genomik parmak izi profillemesi yapılmıştır. Böylece, genetik olarak stabil ΔrecA bakteriler ile nokta mutasyonlar geliştirmeye yatkın ΔmutS hücre fabrikalarının adaptasyon hızları karşılaştırılmıştır. | tr_TR |
| dc.description.ozet | Heterologous protein production is one of the biggest contributions that developing biotechnology applications bring. Thanks to synthetic biology and genetic engineering, it becomes possible to produce easy to manipulate, fast, cost effective and high yield protein producing microbial cell factories. The chemicals and products obtaining from microbial cell factories have been used for industrial and health purposes and in other areas. It is incredibly important that the cells that is programmed to be cell factories should be robust with having high biomass and yield, besides being able to produce functional and soluble peptides. Although how well the circuit is designed, creating such microbial cell factories is up to evolutional processes, mostly. In this thesis study, two genetically different Escherichia coli cell factories, one has ΔrecA genotype and other has ΔmutS genotype, that produce green fluorescent protein under T7 promoter were created. The fermentation conditions which made the cells produce high and low recombinant protein expression heterology were optimized and the cells were passaged under these conditions. Then the passaged cultures were analyzed by genomic and proteomic finger printing. Therefore, adaptation rate of genetically stabile ΔrecA cell factories and the ΔmutS cell factories that tend to have point mutation were compared. | tr_TR |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.12575/90078 | |
| dc.language.iso | tr | tr_TR |
| dc.publisher | Biyoteknoloji Enstitüsü | tr_TR |
| dc.subject | Adaptasyon | tr_TR |
| dc.subject | moleküler klonlama | tr_TR |
| dc.subject | heterolog protein ekspresyonu | tr_TR |
| dc.title | Yeşil floresan protein ifadeleyen escherichia coli hücre fabrikalarda fenotipik heterojenitenin adaptasyona etkisi | tr_TR |
| dc.title.alternative | Impact of phenotypic heterogenity in green flouresance protein expressing escherichia coli cell factories on adaptation | tr_TR |
| dc.type | masterThesis | tr_TR |