Trakya bölgesinden toplanmış Tuber excavatum örneklerinin konaklık ettiği RNA mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
No Thumbnail Available
Date
2024
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Ankara Üniversitesi
Abstract
Bu çalışma, Trakya bölgesinden toplanan Tuber excavatum örneklerinde RNA mikovirüslerinin varlığını ve genetik özelliklerini araştırmaktadır. Moleküler ve konvansiyonel tür teşhisi yapılan örneklere Viral Çift İplikçikli RNA (dsRNA) taraması yapılmıştır. Tanımlanan dsRNA segmentlerinin eşlenik DNA'ları (cDNA'ları) rastgele (random) PZR (rPZR) yöntemi ile amplifiye edilmiş ve Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemiyle analiz edilmiştir. Tanımlanan dsRNA segmentlerinin 5' ve 3' terminal bölgelerinin RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) ile çoğaltılması ve Sanger sekanslama yöntemi ile dizilerinin belirlenmesi sonucu elde edilen tüm viral genomlara ait dsRNA dizilerinin biyoinformatik ve filogenetik analizleri sonucunda, Tuber excavatum mitovirüs olarak bilinen ve resmi olarak Triamitovirus tuex1 olarak adlandırılan bir mitovirüsün ikinci izolatı tanımlanmış ve tüm genomu ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmada tanımlanan Triamitovirus tuex1 izolat Tekirdag ve önceden tanımlanmış izolat Lammspringe, sırasıyla Türkiye ve Almanya'dan toplanan T. excavatum izolatlarında tanımlanmıştır. Yapılan karşılaştırmalı genom analizleri, iki virüs izolatının RNA bağımlı RNA polimeraz (RdRp) alanını içeren proteinlerinin %94,60'lık bir benzerlik oranına sahip olduğunu göstermiştir. Viral genomların en çok farklılık gösteren kısmının %78,53'lük bir dizi benzerliği gösteren 5' translasyonu yapılmayan bölgeler (UTR'ler) olduğu, 3' UTR'lerin ise %91,53'lük bir dizi benzerliği ile en çok korunmuş kısımlar olduğu bulunmuştur. İki virüs izolatının tüm genomlarının %85,33'lük bir dizi benzerliği paylaştığı ortaya koyulmuştur. Triamitovirus tuex1 izolatlarının aynı konak tür içinde ortaya çıkması, adaptif radyasyondan kaynaklanan bir duplikasyon olayını yansıtıyor gibi görünmektedir.
Description
Keywords
Tuber excavatum, Fungal virüsler, dsRNA, Enfeksiyon, Mikoviral biyoçeşitlilik, ITS