01-YÜKSEK LİSANS TEZLERİ
Permanent URI for this collection
Browse
Browsing 01-YÜKSEK LİSANS TEZLERİ by Author "Abacı, Edibe Ece"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item Sporadik kolorektal kanserlerde epigenomik ve transkriptomik profilin entegrasyonu(Biyoteknoloji Enstitüsü, 2020) Abacı, Edibe Ece; Özdağ, Hilal; OtherKolorektal kanser (KRK) yüksek ölüm oranına sahip, dünya genelinde en sık görülen üçüncü kanserdir. Moleküler patogenezi çok çalışılmış olmasına rağmen, multifaktöriyel bir hastalık olan KRK'de hala aydınlatılmamış birçok nokta bulunmaktadır. Sistem biyolojisi yaklaşımı, genomik, transkriptomik, epigenomik ve metabolomik dahil olmak üzere çeşitli omik verilerin bir araya getirilerek, multifaktöriyel hastalıkların mekanizmalarının aydınlatılmasına olanak sağlamaktadır. Bu çerçevede omik verilerin entegrasyonu KRK patogenezinin daha iyi anlaşılmasını sağlayan, teşhiş, prognoz ve tedavide kullanılabilecek yeni biyobelirteçlerin tanımlanması için kullanılan önemli bir yaklaşımdır. Bu tez kapsamında sporadik KRK'ya yönelik epigenomik ve transkriptomik verilerin entegrasyonu ile, bu hastalık için kullanılabilecek biyobelirteçlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Meta analiz yöntemi ile KRK'da bulunan global miRNA profilleri biraraya getirilerek analiz edilmiş ve böylece KRK'da ifadesi değişen miRNA'lar ve hedefledikleri genler tanımlanmıştır. Hedef genlerin tanımlanması aşamasında elde edilen miRNA profilleri ekibimizin önceki çalışmasında elde edilmiş olan 50 eşli KRK tümör-sağlıklı FFPE tümör örneklerinin transkriptom profili ile entegre edilmiştir. Ardından belirlenen genlerin ifade değişimleri qRT-PCR ile KRK tümör ve eşleştirilmiş sağlıklı FFPE dokulardan izole edilen RNA örnekleri üzerinden valide edilmiştir. qRT-PCR analizleri sonucunda miRNA çalışmasından bağımsız olarak seçilen SPP1 geninin yüksek ifade seviyesi doğrulanmıştır. hsa-miR-1-3p'in tümör dokusundaki düşük seviyede ifadesinin yanısıra hsa-miR-145- 5p ve hsa-miR-1-3p tarafından regüle edildiği düşünülen COL5A1, FN1, CD44, CCND1, VEGFA genlerinin ifadesindeki artış valide edilmiştir. COL1A1 ve BCL2L1 genlerinin yüksek ifade seviyeleri valide edilmiştir ancak bu genleri regüle eden hsa-miR-133a-3p ifade değişimi ve önceki çalışmalarda valide edilen hsa-miR-182-5p'nin hedefi olan THBS1'in ifade değişimi qRT-PCR analizleri sonucunda anlamsız bulunmuştur. Hücre dışı matris yapısının oluşmasını sağlayan COL1A1 ve COL5A1 genlerinin yüksek ifade seviyelerinin KRK karsinogenezinde; FN1, CD44 genlerinin yüksek ifade seviyelerinin tümör gelişiminde; CCND1, VEGFA, BCL2L1 genlerinin ise apoptoz, proliferasyon gibi süreçlerde etkili olabileceği düşünülmüştür. Sonuç olarak bu genler KRK'da kullanılabilecek potansiyel biyobelirteçler olarak tanımlanmıştır.