Türkiye'de yayılış gösteren Salsola (Amaranthaceae) türlerinin PSBB-PSBH kloroplast genler arası bölgesi DNA dizilerine dayalı filogenetik ilişkilerinin araştırılması
No Thumbnail Available
Files
Date
2019
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Ankara : Ankara Üniversitesi : Fen Bilimleri Enstitüsü : Biyoloji Anabilim Dalı
Abstract
Bu çalışmada ülkemizde yayılış gösteren Amaranthaceae familyasından Salsola cinsine ait tür ve tür altı taksonların filogenetik ilişkileri kloroplast psbB-psbH genler arası bölgesi DNA dizileri kullanılarak araştırılmıştır. Bunun için her taksonu temsilen bir bireyden tüm genom DNA özütlemesi yapılmıştır. Kloroplast genomundan psbB-psbH genler arası bölgesi uygun primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonları (PZR) ile çoğaltılmış ve saflaştırma ve dizileme işlemleri yapılmıştır. Elde edilen DNA dizi okumaları kontrol edilip düzenlendikten sonra gen bankalarından sağlanan Salsola cinsinin ülkemizde bulunmayan türlerine ait psbB-psbH genler arası bölgesi DNA dizileriyle birlikte kullanılarak hizalanmış ve maksimum parsimoni, maximum likelihood ve Bayesian filogeni analizleri için uygun formatta düzenlenmiştir. Filogeni analizleri sonucunda çizilen ağaçlar birbirleriyle ve önceki çalışmalarla kıyaslanmıştır. Bu çalışmada yeni dizilenen taksonların topolojideki konumları ve ağaçların politomi durumları tartışılmış ve problemli grupların açıklanması için çözüm önerileri paylaşılmıştır. Genel olarak topolojiler literatürdeki ağaçlarla uyumlu ve destekler niteliktedir ancak taksonun filogenisinin çözümlenmesi için daha fazla moleküler belirtecin birlikte kullanılarak değerlendirilmesi gerekmektedir
In this study, the phylogenetic relationships of species and subspecies taxa belonging to the genus Salsola from the Amaranthaceae family, which is spreading in our country, were investigated by using DNA sequences of chloroplast psbB-psbH genes. For this, all genomic DNA extraction was done for each taxon as an individual. The region of the psbB-psbH gene from the chloroplast genome was amplified by Polymerase Chain Reactions (PCR) using appropriate primers and purified and sequenced. After the obtained DNA sequence readings were checked and regulated, The psbB-psbH intergenic regions of the genus Salsola from the gene banks was aligned with the DNA sequences and arranged in a format suitable for maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian phylogeny analysis. Trees plotted as a result of phylogeny analysis are compared with each other and with previous studies. In this study, the positions of the newly sequenced taxa in the topology and the politomy of the trees are discussed and the solution proposal for the problematic groups is shared. In general, topologies are compatible and supportive to the trees in the literature, but more molecular markers must be used together to solve the taxon phylogeny.
Description
Keywords
Bitki sistematiği, Filogeni, Kloroplast genomu, Plant taxonomy, Phylogeny, Chloroplast genome