PTPN11 gen mutasyonlarının noonan sendromlu hastalarda taranması

Simple item page
dc.contributor.advisorTekin, Mustafa
dc.contributor.authorCengiz, Filiz Başak
dc.contributor.departmentBiyoteknolojitr_TR
dc.date.accessioned2022-06-13T08:24:31Z
dc.date.available2022-06-13T08:24:31Z
dc.date.issued2006
dc.description.abstractNoonan syndrome (NS) is an autosomal dominant disorder characterized by distinctive facial features, short stature, congenital heart disease, cryptorchidism, and lymphatic dysplasia. This syndrome is estimated to be seen in 1/1500-1/2500 live births. Mutations in the PTPN11 gene are detected in nearly 50% of affected individuals. The PTPN11 gene encodes for a nonreceptor protein tyrosine phosphatase, SHP-2, which contains N-SH2 and C-SH2 domains in the amino terminal and a PTP domain in the carboxy terminal. PTPN11 missense mutations cluster in the N-SH2 and PTP domains, which are involved in switching the protein between its inactive and active conformations. In this study, 20 patients, clinically diagnosed with NS, were screened for mutations in 8 exons of the PTPN11 gene. These exons were screened with PCR-SSCP, PCR-DHPLC, and PCR-DNA sequence analysis protocols. Mutation analysis revealed the p.Asn308Asp alteration in three patients in exon 8, p.Ala72Ser alteration in a patient in exon 3, p.Tyr63Cys alteration in a patient in exon3, and p.Asn58Asp alteration in a patient in exon 3. All mutations were detected with DHPLC. However, only p.Tyr63Cys and p.Ala72Ser mutations were found with SSCP. The p.Asn308Asp mutation was confirmed with a PCR-RFLP protocol. Our results show that it will be practical to first screen exons 3 and 8 of PTPN11 with PCRDHPLC in patients with NS. Key Words: DHPLC, DNA sequence analysis, Noonan syndrome, PTPN11, PCR, SSCPtr_TR
dc.description.ozetNoonan sendromu (NS) otozomal dominant olarak kalıtılan yüzde sendroma özgü degisiklikler, boy kısalıgı, konjenital kalp defektleri, kriptorsidizm, lenfatik displazi, ögrenme güçlükleri ile tanı konulan bir hastalıktır. NS 1/1500-1/2500 dogumda görülür. NS'lu olguların yaklasık %50'sinde PTPN11 geninde mutasyonlar bulunmaktadır. PTPN11 geni tarafından kodlanan SHP-2 proteini bir ?non reseptör protein tirozin fosfataz? (PTP) proteinidir ve amino uçta N-SH2 ve C-SH2, karboksi uçta ise PTP bölgeleri olmak üzere üç bölgeden meydana gelmektedir. PTPN11'de meydana gelen mutasyonların çogu N-SH2 ve PTP bölgelerinde yer almaktadır, bu bölgeler proteinin aktif ve inaktif konformasyonları arasındaki degisimi düzenlemektedirler. Bu çalısmada klinik olarak NS tanısı alan 20 olguda daha önce içinde mutasyon tanımlanmıs PTPN11 geninin 8 eksonu taranmıstır. Bu 8 ekson PCR-SSCP, PCR-DHPLC ve PCR-DNA dizi analizi metodları ile taranmıstır. DNA dizi analizi sonucu üç olguda 8. eksonda p.Asn308Asp degisimi, bir olguda 3. eksonda p.Ala72Ser degisimi, bir olguda 3. eksonda p.Tyr63Cys degisimi ve bir olguda 3. eksonda p.Asn58Asp degisimi heterozigot olarak saptanmıstır. PCR-DHPLC ile bu dört mutasyon gösterilmistir. PCR-SSCP ile yalnızca p.Tyr63Cys ve p.Ala72Ser mutasyonları gösterilmistir. Daha sonra p.Asn308Asp degisimi PCR-RFLP (EcoRV enzimi) ile dogrulanmıstır. Arastırma sonuçları PTPN11 geninde NS'lu hastalarda 3. ve 8. eksonların PCR-DHPLC ile taranmasının baslangıçta olguların önemli bir kısmında mutasyon saptanmasını saglayacagını göstermektedir. Anahtar Sözcükler: DHPLC, DNA dizi analizi, Noonan sendromu, PTPN11, PCR, SSCPtr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.12575/81665
dc.language.isotrtr_TR
dc.publisherBiyoteknoloji Enstitüsütr_TR
dc.subjectBiyoteknolojitr_TR
dc.titlePTPN11 gen mutasyonlarının noonan sendromlu hastalarda taranmasıtr_TR
dc.title.alternativeScreening for mutations in the PTPN11 gene in patients with noonan syndrometr_TR
dc.typemasterThesistr_TR

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
233820.pdf
Size:
787.21 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Yüksek Lisans
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.62 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download

Collections

01-YÜKSEK LİSANS TEZLERİ