Lactarius cinsi üyelerinin konaklık ettiği mikrovirüslerin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi

Abstract

Bu çalışmanın amacı, Türkiye’de yayılış gösteren Lactarius cinsi üyelerini enfekte eden mikovirüslerin tanımlanması ve tüm genom dizilerinin yeni nesil dizileme ile ortaya koyularak tüm genom verisi üzerinden moleküler nitelemeleri ve filogenetik analizlerinin yapılmasıdır. Moleküler ve konvansiyonel tür teşhisi yapılan örneklere Viral Çift İplikçikli RNA (dsRNA) taraması yapılmıştır. Arazi çalışmaları sonucunda elde edilen Lactarius cinsi üyeleri’nin geleneksel ve moleküler yöntemler kullanılarak teşhisleri yapılmıştır. Lactarius örneklerinden genomik DNA izolasyonu CTAB yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Ribozomal RNA gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmış ve dizilenmiştir. Amplikonlar, BLASTn analizleri kullanılarak incelenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. dsRNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiş ve S1 nükleaz kullanılarak dsRNA'lar muamele edilip analiz edilmiştir. dsRNA'lardan elde edilen cDNA’lar rPCR ile çoğaltılmış, saflaştırılmış ve yeni nesil dizileme ile analiz edilmiştir. Terminal bölgelerin çoğaltılması için RACE PCR ve Sanger dideoksi yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen viral genom dizileri biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilmiştir. Bu çalışmada, Lactarius cinsi üyelerini enfekte eden bir mikovirüs tanımlanmıştır. " Lactarius mediterraneensis partitivirüs 1 (LmPV1)" olarak adlandırılan partitivirüsün tam genomu elde edilmiştir.