Cilt:46 Sayı:01 (2022)

Permanent URI for this collection

https://dspace.ankara.edu.tr/handle/20.500.12575/84830

Browse

Browsing Cilt:46 Sayı:01 (2022) by Subject "AutoDock Vina"

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Item
    3BGQ - PIM1 KİNAZ ETKİLEŞİMİNİ HEDEF ALAN YENİ DİTİYOKARBAMAT İLE SÜBSTİTÜE 2-OKSOİNDOL TÜREVLERİNİN İN SİLİKO ÇALIŞMALARI
    (Ankara Üniversitesi, 2022) TANGEDA, Saritha Jyostna; Other; Other
    Amaç: Kanser, gelişmekte olan ülkelerin çoğunda başlıca ölüm nedenidir. Geliştirilen muazzam kemoterapötik ajanların, kanser hastalarının hayatta kalma oranları ve yaşam kaliteleri açısından hala iyileştirilmeleri gerekmektedir. Moloney murin lösemi virüsünün (PIM1) pro-viral entegrasyon bölgesi, kalsiyum/kalmudulin tarafından düzenlenen bir serin/treonin kinaz ailesidir, onkogenezde benzersiz bir moleküler hedef olarak tanımlanmıştır. PIM1 hücre döngüsü düzenlenmesi, hücre sağkalımı, apoptozu, hücresel yaşlanması ve ilaç direncinde önemli bir role sahiptir ve insan malignitelerinin sayısında potansiyel bir biyobelirteç olarak ortaya çıkmaktadır. Bugün birçok ilginç PIM1 inhibitörü geliştirildi ve biyoyararlanım ve toksisite eksikliği nedeniyle birkaçı faz 1 ve 2 klinik çalışmalardan çekildi. Dolayısıyla bu çalışmanın amacı, daha güçlü ve daha az toksik bileşikler geliştirmektir. Gereç ve Yöntem: Ditiyokarbamat içeren bir seri yeni 2-oksindoller PIM1 inhibitörü olarak tasarlandı. Tüm moleküllerin ilaç adayı için önemli olan moleküler özelliklerini tahmin etmek için Molsoft, Molinspiration, Swiss ADME ve pkCSM programları kullanıldı. Ayrıca, tasarlanan bileşiklerin PIM1 kinaz proteini ile bağlanma afinitelerini bulmak ve antikanser aktivitelerini rasyonalize etmek için, moleküler yerleştirme çalışması yapıldı. Sonuç ve Tartışma: Sonuçlar, tasarlanan tüm bileşiklerin iyi oral biyoyararlanım, düşük toksisite ve potansiyel inhibitör aktiviteler için kriterleri karşıladığını ortaya koymaktadır. Tüm bileşiklerin PIM1 kinazın aktif bölgesine yerleştirilmesi Auto DockVina yazılımı ile gerçekleştirildi. Sonuç olarak, bağlanma enerjisi değerlerine göre, bileşik 16 ve 24 daha önce bildirilen AZ1208 ve SGI 1776 bileşikleri ile karşılaştırılabilir eşdeğer dock skoru -9.7 Kcal/mol gösterdi. Bu bulgu, araştırmacılara kanser tedavisi için daha iyi bir ilacın tasarımında yardımcı olacaktır.
  • No Thumbnail Available
    Item
    MOLECULAR DOCKING STRATEGY FOR MULTI-TARGET INHIBITOR DISCOVERY OF SELECTED PLANT CONSTITUENTS IN BAUHINIA ACUMINATA
    (Ankara Üniversitesi, 2022) Kudumula, Neelima; Other; Other
    Amaç: Günümüzde geleneksel tıp genellikle bir tür tamamlayıcı veya alternatif tıp (CAM) olarak kabul edilmektedir. Bu nedenle, çeşitli hastalıkların tedavisinde etkili olan bitkilerin belgelenmesi ve tanımlanması gelecekteki hastalık kontrol programları için hayati öneme sahiptir. Bu çalışma Bauhiniaacuminata'daki on üç bitki bileşeninin akciğer kanseri (PDB IDs: 2ITY), meme kanseri (1A52), diyabet (3L4U), obezite (IT02), inflamasyon (5COX) ve korona viral enfeksiyonlarındaki (6VYO) hedef proteinlere karşı moleküler kenetlenme analizini gerçekleştirmeyi amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada kullanılan tüm bitki bileşenleri Bauhiniaacuminata bitkisinden alınmış ve molinspirasyon kullanılarak biyolojik aktivite sonuçları açısından değerlendirilmiştir. Ayrıca AutoDockVına yazılımı kullanılarak siliko içi yerleştirme analizi yapıldı ve bağlanma etkileşimleri Discoverystudio programı kullanılarak görselleştirildi. Sonuç ve Tartışma: Yerleştirme puanları ve bitki bileşenlerinin hedeflerle etkileşimlerinin analizi, seçilen tüm bitki bileşenlerinin standart ilaçlarınkine kıyasla seçilen hedeflere mükemmel bağlanma gösterdiğini göstermektedir. 6 Farklı hedefe kenetlenme işlemi sonucunda, Quercetin, Beta-sitosterol ve Rheagenin gibi seçilen bitki bileşenlerinin, gösterildiği gibi 6VYO hariç tüm 5 hedefe karşı iyi bağlanma enerjisi değerleri gösterdiği gözlenmiştir (Tablo 9). Bu sonuçlar potansiyel potansiyel adayları belirleme ve tasarlama konusunda daha iyi kavrayışlar elde etmenin önünü daha da açabilir.