Browsing by Author "Us, Ebru"

Now showing 1 - 4 of 4
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
    Çeşitli klinik örneklerden izole edilen gram negatif enterik bakterilerde karbapenemaz varlığının ve tiplerinin araştırılması
    (Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri, 2015) Us, Ebru; Tıp Fakültesi; Kutlu,Hüseyin Haydar
    Çalışmamızda Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbni Sina hastanesi Merkez Laboratuvarına 2010- 2014 yılları arasında çeşitli kliniklerden gönderilen karbapenem direnci gösteren Enterobacteriaceae suşlarında antibiyotik duyarlılık paternleri ve karbapenemaz genleri araştırılarak ülkemize yönelik epidemiyolojik veri sağlamak amaçlanmaktadır. Elde edeceğimiz veriler Türkiye’deki epidemiyolojik verilere önemli bir katkı sağlayacak, yeni tedavi algoritmalarının geliştirilmesinde ve tedavinin yönlendirilmesinde yol gösterici olacaktır. Çeşitli kliniklerden alınmış, Phoenix otomatize sistemi (Becton Dickinson, ABD) ile identifiye edilerek antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda ertapeneme karşı orta duyarlı ya da dirençli bulunan 112 izolat çalışmaya alınmıştır. Tüm izolatlara Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testleri yapılarak 17 antibiyotik için (amoksisilin-klavulanik asit (20/10 µg), piperasilin-tazobaktam (100/10 µg), sefazolin (30 µg), sefepim (30 µg), seftazidim (30 µg), sefotaksim (30 µg), sefoksitin (30 µg), aztreonam (30 µg), doripenem (10 μg), ertapenem (10 µg), imipenem (10 µg), meropenem (10 µg), gentamisin (10 µg), amikasin (30 µg), siprofloksasin (5 µg), levofloksasin (5 µg), trimetoprimsülfametoksazol (1.25/23.75 µg)) duyarlılık sonuçları belirlenmiştir. Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemine ek olarak ertapenem ve meropenem stripleri kullanılarak gradiyent difüzyon yöntemiyle izolatların karbapenem MİK değerleri belirlenmiştir. Modifiye Hodge testi CLSI’nın (2015) önerdiği sulandırım basamağı yapılarak ve bu basamak atlanarak iki farklı şekilde yapılmıştır ve testin karbapenemaz varlığını saptamadaki duyarlılık ve özgüllüğü değerlendirilmiştir. Bakteriyel izolatlardan DNA ekstraksiyonu yapılıp polimeraz zincir reaksiyonu yardımıyla 11 adet kazanılmış karbapenemaz geni incelenmiştir. İzolatlar arasındaki klonal ilişki, izolatların Xbal DNA makrorestriksiyon enzimi ile kesimi sonrası PFGE yöntemi ile araştırılmıştır. Çalışmamızda 112 bakteriyel izolat incelenmiş olup izolatların çoğunluğunu K. pneumoniae (% 70,5) oluşturmakta iken bunu sırasıyla E. coli (%13,4), E. cloacae (% 8,9), E. aerogenes (% 3,6) ve K. oxytoca (% 3,6) takip etmiştir. İzolatlarda en sık olarak OXA-48 geninin varlığı saptanmıştır. Bakteriyel izolatların 83 tanesinde (% 74,1) tek başına, yedi tanesinde (% 6,3) ise VIM geni ile birlikte OXA-48 tespit edilmiştir. Karbapenemaz genleri arasında ikinci sıklıkta VIM geninin varlığı saptanmış olup toplam dokuz bakteride (% 8) pozitif olarak bulunmuştur. NDM geni ise iki bakteriyel izolatta (% 1,8) tanımlanmıştır. Test edilen tüm izolatlar için en yüksek direnç görülen antimikrobiyal ajanlar sefazolin (% 100) ve amoksisilin-klavulanik asit (% 99,1) olmuştur. En az direnç görülen antimikrobiyal ajanlar ise amikasin (% 19,6) ve gentamisin (% 29,5) olmuştur. Modifiye Hodge testi CLSI’nın (2015) önerdiği şekliyle 1:10 sulandırım kullanılarak yapıldığında testin duyarlılığı % 92,6; özgüllüğü ise % 11,1 bulunmuştur. Sulandırım adımı atlanarak yapıldığında OXA-48 üreticileri için duyarlılık % 96,7’ye yükselirken VIM ve NDM üreticilerinde bu değer % 100 olmuştur. Çalışmamızda PFGE ile incelenen izolatlar arasında K. pneumoniae türündeki 10 izolat aynı PFGE paternine sahip bulunmuş ve pulsotip B olarak isimlendirilen bu izolatlar, izole edildikleri yer, izolasyon tarihleri, antibiyotik direnç paternleri ve taşıdıkları karbapenemaz genleri açısından benzer bulunmuştur ve hastanemiz yoğun bakımlarında ortaya çıkan muhtemel bir salgın olarak değerlendirilmiştir. Çalışmamızda ayrıca polikliniğe başvuran beş hastadan gönderilen klinik örneklerde karbapenemaz genlerine rastlanmıştır. Polikliniğe başvuran hastalarda böyle bir durumun görülmesi, OXA-48 üreticilerinin endemik olduğu ülkemizde karbapenemaz üreticisi Enterobacteriaceae üyelerinin neden olduğu toplum kökenli enfeksiyonların karşımıza çıkabileceğini düşündürmüştür. Karbapenemazların hızlı ve doğru tanısı, tedavi stratejilerini belirlemede ve yayılımı önlemede anahtar rol almaktadır. Kombine tedavilerin tercih edildiği karbapenemaz üreticileriyle gelişen enfeksiyonlarda, aminoglikozitler elimizdeki en önemli seçeneklerden biri olarak gözükmektedir. Her ne kadar EUCAST (2015) kılavuzunda önerilmese de OXA-48 üreticilerinin çok yaygın olarak karşımıza çıktığı ülkemizde, karbapenemaz doğrulamasında modifiye Hodge testi yapılması önemli bir alternatif olarak gözükmektedir. Fakat testin özgüllüğü düşük olup yalancı pozitifliklerin olabileceği göz önünde bulundurulmalıdır. Ülkemiz gibi belirli bir karbapenemaz geninin yaygın olduğu bölgelerde, uzun süreli tedaviye rağmen düzelmeyen toplum kökenli enfeksiyonlarda, karbapenemaz üreticisi etkenlerin sorumlu olabileceği akla getirilmelidir.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Investigation of Carbapenem resistance mechanisms in Klebsiella pneumoniae by using phenotypic tests and a molecular assay
    (2019) Us, Ebru; Tıp Fakültesi
    Introduction: The aim of this study was to investigate the presence of carbapenemase production and carbapenem resistance mechanisms in 47 carbapenem resistant Klebsiella pneumoniaeisolates by phenotypic confirmatory tests and molecular assay.Methodology: Carbapenem resistance genes KPC, OXA-48 and NDM were investigated with the BD MAX CRE assay kit in the BD MAX real time PCR instrument. Modified Hodge test, MBL gradient strip test, D70C Carbapenemase Detection Set, Temocillin gradientstrip test methodswere used as phenotypic confirmatory tests. Clonal relationship between study isolates was investigated with pulsed-field gel electrophoresis.Results: Analysis with BD MAX CRE assay revealed OXA-48 positivity in 17 (36%) strains, NDM positivity in 6 (13%) strains and coexistence of OXA-48 + NDM positivity in 8 (17%) strains. In 16 (34%) strains, none of the KPC, OXA-48 and NDM genes were detected. While MHT was the most sensitive phenotypic confirmatory test, D70C disc set had not been considered as a useful tool to assist the search for carbapenemase production. Temocillin gradient test alone could not be considered as sufficient to detect the presence of OXA-48. PFGE analyses revealed that 23 of 31 carbapenemase producing strains were in three major PFGEgenotypes (A, B and C). Conclusions: This study revealed that carbapenem resistance observed in K. pneumoniaeisolates was mainly due to OXA-48 and NDM genes and the increase of carbapenem resistance among K. pneumoniaestrains in our hospital was due to the interhospital spread of especially 3 epidemic clones
  • No Thumbnail Available
    Item