RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) INHIBITOR DRUGS AGAINST SARS-COV-2: A MOLECULAR DOCKING STUDY

Simple item page
dc.contributor.authorAlagöz, Zeynep
dc.contributor.departmentEczacılıktr_TR
dc.contributor.facultyEczacılık Fakültesitr_TR
dc.date.accessioned2022-11-01T07:12:04Z
dc.date.available2022-11-01T07:12:04Z
dc.date.issued2022
dc.description.abstractAmaç: SARS-CoV-2 ile ilişkili viral pandemisi ilk olarak Aralık 2019'da Çin'in Wuhan kentinde bildirilmiştir. enfeksiyon gücünün yüksek olması nedeniyle, Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) 11 Mart 2020 tarihinde SARS-CoV-2’yi küresel pandemi olarak ilan etmiştir. Bu nedenle en önemli viral protein hedeflerinin belirlenmesi bir zorunluluk haline geldi. En önemli hedef proteinlerden biri ise, SARS-COV-2’nin replikasyon sürecinin bağlı olduğu RNA'ya bağımlı RNA polimerazdır (RdRp). Bu çalışmada RdRp ile RdRp nükleozit inhibitörleri, özellikle de Purin nükleozid analogları arasındaki olası etkileşimlerin incelenmesi, RdRp inhibitörleri ile yaygın olarak etkileşime giren en önemli kalıntıların saptanması ve bu kalıntılarda şimdiye kadar herhangi bir mutasyon gözlemlenip gözlemlenmediği araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: SARS-CoV-2 RdRp’ye karşı fizyolojik nükleotidler (ATP ve GTP) ve farklı viral RdRpler’e karşı onaylanmış ilaçlar (Galidesivir, Remdesivir, Ribavirin, Sofosbuvir ve Favipiravir) olmak üzere toplam 7 bileşik test edilmiştir. RdRp ile bu 7 bileşik arasında AutoDock Vina yardımıyla moleküler docking çalışmaları gerçekleştirilmiş olup moleküler docking çalışmalarından elde edilen sonuçlara ve uzaydaki konfigürasyonlarına göre en uygun olan modelleri için de detaylı yüzey etkileşim analizi Pymol ve Discovery Studio Visualizer software yardımıyla yapılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Test edilen tüm moleküller, SARS-CoV-2 RdRp'ye başarıyla bağlanabilmiştir. Ayrıca hepsi 9 farklı amino asit ile (Arg553, Arg555, Asp618, Asp623, Ser682, Asn691, Ser759, Asp760 ve Asp761) aynı zamanda 3 farklı Template-primer RNA nükleotidi (U10, A11 ve U20) ile etkileşime girmiş ve zorunlu olmayan RNA zinciri sonlandırması yoluyla viral RdRp'nin inhibisyonuna neden olmuşlardır.tr_TR
dc.description.indexScopustr_TR
dc.description.indexTrdizintr_TR
dc.identifier.endpage77tr_TR
dc.identifier.issn/e-issn2564-6524
dc.identifier.issue1tr_TR
dc.identifier.startpage62tr_TR
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.33483/jfpau.963384tr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.12575/85004
dc.identifier.volume46tr_TR
dc.language.isoentr_TR
dc.publisherAnkara Üniversitesitr_TR
dc.relation.isversionof10.33483/jfpau.963384tr_TR
dc.relation.journalAnkara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisitr_TR
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıtr_TR
dc.subjectCOVID-19tr_TR
dc.subjectmoleküler dockingtr_TR
dc.subjectRdRptr_TR
dc.titleRNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) INHIBITOR DRUGS AGAINST SARS-COV-2: A MOLECULAR DOCKING STUDYtr_TR
dc.typeArticletr_TR

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
10.33483-jfpau.963384-1863172.pdf
Size:
1.91 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.62 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download

Collections

Cilt:46 Sayı:01 (2022)