Fibrosarkoma ve Deri Fibroblast Hücre Hatlarının Karşılaştırmalı Proteomik ve Glikobiyolojik Analizleri
No Thumbnail Available
Date
2014
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri
Abstract
Proteom genom tarafından kodlanan proteinleri tanımlar. Bir hücrenin, organın veya
organizmanın belirli bir zaman ve mekanda sahip olduğu (izoformlar, polimorfizimler, ve
sentez sonrası değişimler de dahil olmak üzere) tüm proteinlerin toplamıdır. Bir
organizma vücudunun farklı bölgelerinde, hücre döngüsünün farklı evrelerinde ve farklı
çevre koşullarında farklı protein ekspresyonlarına sahiptir. Proteomik, dinamik bir terim
olup farklı koşullarda hücre, doku veya vücut sıvılarındaki proteinlerin kantitatif analiz
teknolojisi olarak tanımlanır. Kıyaslamalı proteomik ise iki farklı durum arasındaki
(normal ve hastalık, yaşlı ve genç) ekspresyonun karşılaştırılmasına dayanır. Sabit bir yapı
olan ve bir organizma için çok iyi tanımlanabilen genomun aksine proteom, hücreden
hücreye farklılık gösterir ve iç ve dış uyaranlara yanıt olarak biyokimyasal etkileşimler
aracılığı ile sürekli bir değişim halindedir.
Proteomun analiz edilmesi olarak da kısaca tanımlanabilen “proteomiks” ifadesi ise
pratikte, geniş çaplı protein ayırma ve tanımlama tekniklerinin kullanılması ile yapılan
proteom çalışması olarak tanımlanmaktadır. Proteomiks, biyoloji, biyoinformatik ve
protein biyokimyasını içeren disiplinler arası bir bilim dalıdır ve günümüzde proteomik
analiz teknikleri sayesinde protein komponentlerinin ayrıntılı moleküler tanımlanması ve
analizleri yapılabilmektedir. Bu sayede hastalıkların patogeneziyle ilişkili diagnostik ve
prognostik yönden faydalı olabilecek belirteçlerin bulunabilme imkanı sağlanmaktadır.
Son yıllarda birçok kanser türünde bu kanser türleri için spesifik biyolojik belirteçlerin
bulunmasına yönelik çok sayıda proteomik çalışma yapılmıştır.
Glikobiyoloji ise doğada yaygın şekilde bulunan şeker zincirlerinin yapılarını,
biyosentezlerini ve biyolojik görevlerini çalışan yeni bir araştırma alanıdır. Glikozilasyon
ökaryotlarda görülen post translasyonal modifikasyonlardandır ve glikan yapılarının
kanserde değişime uğradıkları bilinmektedir. Uzun yıllardan beri bilinmektedir ki kanser
hücrelerindeki oligosakkaritler normal hücrelerdekinden daha farklıdırlar.
Çalışmamızda insanlarda görülen fibrosarkoma için biyolojik belirteç aranması ve
glikozilasyondaki değişimlerin saptanması hedeflenmiştir. Bunun için insan fibrosarkoma
ve deri fibroblast hücre hatlarının karşılaştırmalı proteomik analizleri yapılarak, farklı
protein ekspresyonları belirlenerek bu proteinler karakterize edilmiş ve lektinler
yardımıyla iki hücre hattındaki glikozilasyon farklılıkları ortaya konulmuştur.
Proje çalışmasında özellikle sekretom örneklerinde identifikasyonu yapılan SPARC,
kalretikulin, amiloid β A4 (APP751 İzoformu), Galektin-1, alfa enolaz, ürokinaz tip
plazminojen aktivatörü, peptidil prolil cis-trans izomeraz A ve B hücre dışına salgılanan
proteinler olup fibroblast sekretomu ile karşılaştırıldığında sadece fibrosarkoma
sekretomunda ekspresyonuna rastlanmıştır. Sekretomda identifikasyonu yapılan bu
proteinlerin fibrosarkoma için potansiyel tümör belirteçleri olarak hizmet edebilecekleri
düşünülmektedir.
Hücre lizatı örneklerinde identifikasyonu yapılan ve fibrosarkomada ekspresyonu artan
proteinler olan protein disülfit izomeraz A6, endoplazmin, HSP-60 (Heat Shock Protein
60), protein NDRG1, TCP-1-ε (T Complex Protein 1 subunit epsilon), GRP-75
(Mortalin), TCP-1-β (T Complex Protein 1 subunit beta), protein disülfit izomeraz A3,
STI1 (Stress Induced Phosphoprotein 1), peptidil prolil cis-trans izomeraz A, transgelin-2,
heterojen nükleer ribonükleoprotein A2/B1 ve ekspresyonu azalan MVP (Major Vault
Protein) ile sekretomda identifikasyonu yapılan diğer proteinlerin fibrosarkomanın
moleküler mekanizmasının, patogenezinin ve karsinogenezinin anlaşılmasına katkıda
bulunacağı düşünülmektedir.
Fibroblast lizat, fibrosarkoma lizat ve fibroblast sekretom ve fibrosarkoma sekretom
numunelerinde Glikan ayırtedici lektin kitleri (DSA, GNA, MAA, PNA, SNA) ile yapılan
analizlerde ortaya çıkan glikoprotein yapılarındaki karbonhidrat farklılıkları
fibrosarkomanın moleküler patogenezinde N-glikan ve O-glikanların rol aldığını
göstermiştir.
Description
Keywords
Fibrosarkoma, Glikobiyolojik Analizler