Browsing by Author "Ulusan, Özlem"

Now showing 1 - 1 of 1
  • No Thumbnail Available
    Item
    Metisilin dirençli staphylococcus aureus(MRSA)'dan elde edilen fajın karakterizasyonu ve faj komponenetlerini kullanarak in vitro rekombinant faj elde edilmesi
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Ulusan, Özlem; Kıyan, Mehmet; Tıbbi Mikrobiyoloji
    Staphylococcus aureus hastane veya toplum kaynaklı enfeksiyonlara neden olabilen ve oldukça ciddi sonuçlar doğurabilen önemli bir patojen mikroorganizmadır. Çoklu ilaç dirençli S.aureus stafilokokal enfeksiyonların tedavisinde büyük zorluklar yaşanmasına neden olmaktadır. Mevcut olan bütün antimikrobiyallere dirençli S.aureus suşlarının ortaya çıkması ancak yeni antibiyotik bulunamaması araştırmacıları antibiyotiklerin keşfi ile popülerliğini kaybetmiş olan faj tedavisine yönlendirmiştir. Bu amaçla 1950 yıllarına kadar kullanılan fajlar temel olarak bakterinin direkt olarak ölmesini sağlayan litik özelliği olan fajlardır. Bu terapi yönteminin bakterilerin ani ölümüne bağlı olarak endotoksik şok gibi istenmeyen etkileri olduğu bilinmektedir. Rekombinant teknolojinin gelişimi içerisinde bakteri ölümünü kontrollü olarak sağlayan gen materyalleri bulunduran lizojenik rekombinant fajların oluşturulması fikrini ortaya çıkarmıştır. Bunun için manüplasyonu kolay küçük boylarda fajlara ihtiyaç duyulmaktadır. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda Şahin ve ark.(2013) tarafından yapılan bir çalışmada MRSA suşlarından elde edilen fajlar incelendiğinde bir MRSA suşundan elde edilen, diğer fajlardan çok daha küçük boyutta lizojenik bir bakteriyofaj tesbit edilmiş ve MRSA φ sml (small) olarak adlandırılmıştır. Bu çalışmada lizojenik bakteriyofajın genom haritasının çıkarılması, fajlara ilişkin bilgi bankasına katkıda bulunulması ve genom haritası kullanılarak faj tedavisinde kullanılabilecek lizojenik rekombinant fajların oluşturulma potansiyelini araştırmak amacıyla elde dilen fajın tanımlanması amaçlanmıştır. MRSA φ sml bulunduran suşun ekimi yapılmış, mitomisin C ile faj indüklenmesi ve ekstraksiyon işlemi gerçekleştirilmiş, Hind III enzimi ile kesildikten sonra oluşan insertler pBlueScript K plazmidi içerisine klonlanmış ve plazmid ekstraksiyonu yapıldıktan sonra sekans analizine gönderilerek gen ve protein haritası çıkarılmıştır. Fajın kuyruk proteinlerini kodlayan genler içermesi nedeniyle kuyruklu faj grubu olan 'Caudovirales'e ait olduğu saptanmıştır. Genom büyüklüğünün 20.000 bp civarında olması sebebi ile de 'Podoviridae' ailesinden olabileceği tahmin edilmektedir. 'Podoviridae' ailesine ait fajların özelliği küçük bir genom ve kısa kasılamayan bir kuyruğa sahip olmalarıdır. Faj genomunun büyüklüğü 20.224 bp olarak hesaplanmıştır. NCBI ORF Finder programıyla bakılmış, genomun sadece 'ATG' kodonu ile başlayan 41 tane ORF içerdiği, bu ORF'lerin 17 tanesinin (%41.4) hangi proteini kodladığı bulunmuştur. 18 tanesinin (%43.9) NCBI BLAST programında karşılığı bulunamazken, geri kalan 6 tanesi (%14.6) hipotetical protein olarak değerlendirilmiştir. Fajın Guanin+Sitozin içeriği %33.96 olarak hesaplanmıştır. Yapılan son araştırmalara göre bakteriyofaj genomundan olduğu tahmin edilen open reading framelerin %50-75'inin GenBank'ta karşılığı olmadığı görülmüştür. Bakteriyofajları daha iyi anlayabilmek ve faj terapisinde, gıda endüstrisinde, aşılamada, klonlama çalışmaları vs.de fajlardan daha iyi faydalanabilmek için daha fazla fajın dizilenmesi, genomlarının ve karşılık geldiği proteinlerin bulunması, veri bankasına eklenmesi gerekmektedir. Bu nedenle tezimde maniplasyonu kolay küçük bir lizojenik fajın genlerinin ve proteinlerinin tanımlanması nedeniyle oldukça önemli sonuçlar ortaya konmuş, bulgular ayrıntılı olarak değerlendirilmiştir. Anahtar sözcükler: Bakteriyofaj, Hind III, Mitomisin C, MRSA φ sml, Open Reading Frame