Browsing by Author "Konyar, Dilan"

Now showing 1 - 3 of 3
  • No Thumbnail Available
    Item
    Antikanser etkili yeni bazı spirooksiindol türevlerinin sentezi, yapı aydınlatılması ve moleküler doking çalışmaları
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2012) Konyar, Dilan; Büyükbingöl, Erdem; Other
    In this study, four new spiro(oxindole-3,3'-pyrrolidine) compounds were synthesized and their in vitro protein interactions were determined.Following synthesis steps were followed in order to obtain the designed derivatives. For the synthesis of non-commercial starting materials, 3-benzylidene-1,3-dihydro-indol-2-one derivative compounds (1-3) were prepared through the condensation of 1,3-dihydro-indol-2-one and benzaldehyde / p-nitro benzaldehyde/o-chloro benzaldehyde with piperidine in a medium containing methanol. For the synthesis of target spiro oxindole derivatives, 3-benzylidene-1,3-dihydro-indol-2-one / 3-(p-nitro-benzylidene)-1,3-dihydro-indol-2-one / 3-(o-chloro-benzylidene)-1,3-dihydro-indol-2-one and isovaleraldehyde were added on (2S, 3R)-2,3,5,6-tetrahydro-2,3-phenyl-1,4-oxazin-6-one under Argon gas and it was dissolved in toluene. (4-6) compounds were obtained by adding freshly activated 4A° molecular sieve into the reaction medium. Next step, the starting material was used as the product of 1,3-dipolar addition. Catalyzed by sodium 2-ethyl hexanoate in THF, ethyl amine hydrochloride was added. Spiro(oxindole-3, 3'-pyrrolidine) derivative (7) compound was obtained.According to the obtained cytotoxicity results, compound number 7 was found to have the highest anticancer activity in Huh7 and MV liver cell line. When Cl atom of phenyl ring was replaced with NO2 group, it was found that the activity in MV liver cell line has disappeared and the activity in Huh7 cell line has decreased drastically.In this Master?s thesis, molecular modelling (docking) was done with AutoDock Vina-1.2.2 Program to investigate the binding property of newly synthesized spiro(oxindole-3, 3'-pyrrolidine) derivative compounds to MDM2 protein (1YCR). It was illuminated that p53 acts through binding to hydrophobic pocket of MDM2 protein selectively by imitating Phe19, Trp23, Leu26, Leu22 amino acid residues.
  • No Thumbnail Available
    Item
    COX İNHİBİTÖRLERİNİN YABANİ-TİP RAS ENZİMİ ÜZERİNDE MOLEKÜLER DOKİNG ÇALIŞMALARI
    (Ankara Üniversitesi, 2022) Konyar, Dilan; Other; Other
    Amaç: Inflamasyon oluşum mekanizmasındaki rolünün yanı sıra apoptoz oluşumunu tetikleyerek tümorogenesisi inhibe edebilen COX inhibitörlerinin yabani-tip RAS enzimi üzerinde moleküler doking çalışmaları ile bağlanma potansiyelleri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: X-ışını kristalizasyon yöntemi ile elde edilen KRAS enzimi (PDB kodu: 4OBE) çözünürlük dikkate alınarak seçilmiştir.Ligand moleküllerinin 2 boyutlu yapıları ChemDraw 19.1'de çizilmiştir. Doking çalışmaları için MOE 2020 programı kullanılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Docking çalışmaları sonucunda 3a ve 3b ligand moleküllerinde aromatik yapıların varlığının ligand-reseptör etkileşimi için kritik olduğu anlaşılmıştır. Molekülün reseptör bölgesine yüksek afinite ile bağlanabilmesi için karbonil grubu ile molekülün polar olmayan kısmı arasında belirli bir mesafe olması gerektiği anlaşılmıştır. İlerleyen aşamalarda uygun elektron verici veya alıcı içeren fonksiyonel gruplara sahip uygun çap ve uzunlukta moleküller tasarlanarak daha etkili antikanser ilaç molekülleri elde edilebilir.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Retinoid yapısındaki bazı yeni heterosiklik bileşiklerin sentezleri, yapı aydınlatılması, biyolojik etki çalışmaları ve moleküler doking çalışmaları
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Konyar, Dilan; Büyükbingöl, Mehmet Erdem; Other
    Bu çalışmada on iki adet yeni retinoid türevi bileşik tasarlanmış ve sentezlenmiştir (6-17). Bu retinoid analogları altı basamakta sentezlenmiştir. Tez çalışması kapsamında test edilen bileşiklerin in vitro antikanser aktivitelerinin değerlendirilmesinde kanser hücre hatlarında sitotoksik etki çalışmalarının yapılması planlanmıştır. Bu amaçla çalışmada insan kanser hücrelerine örnek teşkil etmesi açısından A549 (akciğer kanser), HeLa (rahim ağzı kanser), MCF-7 (meme kanser) ve WiDr (kolon kanser) hücre hatları kullanılmıştır. RXR hedefine karşın aktivitelerinin incelenmesi, bileşiklerin enzim aktif yöresine bağlanma özelliklerinin tanımlanması ve biyolojik aktiviteleri ile bağlanma afiniteleri arasındaki ilişkilerin Autodock 4.2 programı kullanılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Sentezi yapılan bileşikler, uygun çözücü sistemleri kullanılarak kolon kromatografisi ile saflaştırılmıştır. Bileşiklerin saflıkları İTK ile kontrol edilmiş ve erime noktaları belirlenmiştir. Elementel analiz, kütle (ESI+, ESI-) ve 1H-NMR spektral bulguları ile bileşiklerin beklenen kimyasal yapıları kanıtlanmıştır. Sentezlenen türevler arasında 4 kanser hücre hattında yüksek aktivite gösteren bileşikler 6, 8, 11, 12, 13, 14 ve 17 no'lu bileşiklerdir. WiDr kolon kanser hücre hattında CPT'den daha yüksek sitotoksik aktivite gösteren bileşiklerin 11 (IC50¬:2,38) ve 12 (IC50:2,29 M) no'lu bileşikler olduğu gözlenmiştir. Ayrıca 14 no'lu (IC50:3.25 µM) ve 17 no'lu (IC50: 3.26 µM) bileşiklerin de sadece WiDr hücrelerinde pozitif kontrol olarak kullanılan CPT'ye (IC50WiDr: 2.57 µM) çok yakın derecede güçlü sitotoksik etki gösterdiği bulunmuştur. Tezdeki sonuçlar göz önüne alındığında, yüksek aktivite gözlenen bileşikler, ileride yapılacak çalışmalar için antikanser bileşik olarak RXR'yı hedef alabilecek öncü bileşikler olarak kullanılabilirler.