Kanatlı kökenli salmonella infantis suşlarının MLST ile filogenetik analizi

Abstract

2014-2017 yılları arasında Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda gerçekleştirilmiş 113R036 numaralı TÜBİTAK projesi kapsamında izole edilen 20 adet Salmonella Infantis suşu MLST ile tiplendirildi. Farklı sekans tipleri ve serotipler arasındaki evrimsel ilişkiyi filogenetik ağaç ile ortaya koymak için, dış grup olarak birer adet S. Enteritidis, S. Agona, S. Typhimurium, S. Hadar, S. Mbandaka ve S. Coeln olmak üzere 6 farklı serotip kullanıldı. Her bir suşun 7 housekeeping geni (aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA ve thrA) Pubmlst veritabanında belirtilen primerler kullanılarak çoğaltıldı. Veritabanından alınan dizi analizi primerleri ile DNA dizi analizi yapıldı ve gen dizileri saptandı. Elde edilen diziler ile her bir suşun Pubmlst veritabanı üzerinden sekans tipi saptandı. Suş bazında 7 gen dizisi (aroC için 501 bp, dnaN için 501 bp, hemD için 432 bp, hisD için 501 bp, purE için 399 bp, sucA için 501 bp ve thrA için 501 bp), 3336 bp'lik tek bir DNA dizisi oluşturacak şekilde birleştirildi. T92 yer değiştirme modeli ve NJ ağaçlandırma metodu kullanılarak 26 adet suşun DNA dizisi ile filogenetik oluşturuldu. Tüm S. Infantis suşları sekans tip 32, dış grup suşları olan S. Enteritidis, S. Agona, S. Typhimurium, S. Hadar, S. Mbandaka, S. Coeln suşları ise sırasıyla sekans tip 11, 13, 19, 33, 413 ve 2015 bulundu. Tüm serotipler için ülke ve dünya çapında baskın kabul edilen sekans tipler bu çalışmada da tespit edildi. Ülkemizde ve dünya çapında geçmiş yıllarda yapılmış benzer çalışmalar göz önünde bulundurularak, incelenen serotipler için baskın ve küresel kabul edilen sekans tiplerinin mevcut olduğu ve yerel çalışmaların yapıldığı süreçte bu baskın sekans tiplerin değişmediği anlaşıldı. Çeşitli bakteri türleri için kullanılmakta olan sekans tipi temelli bileşenlerden oluşan aşılar göz önünde alındığında, ülkemizde S. Infantis için yapılacak bir aşılamada ST32 sekans tipinin esas alınması gerektiği sonucuna varıldı. 7 farklı sekans tipi arası evrimsel uzaklığın gösterildiği ağaçta, birbirine en yakın sekans tipler 32 ve 19 (S. Infantis ve S. Typhimurium) olarak bulundu. Gelecek çalışmalarda örnek sayısı artırıldığında S. Infantis serotipinin diğer sekans tiplerini bulma ihtimalinin artacağı ve bunlar filogenetik ağaçta farklı taksonlara yerleştirilebileceği sonucuna varıldı.