Metabarkodlamanın tür seviyesinde diatom biyoizlemeye In vitro ve in silico entegrasyonu
Özet
Dünya üzerinde her ekosistemde yaygın bir şekilde bulunan diatomlar, habitatların en önemli indikatör türleri arasındadır. Biyolojik besin piramidinde üreticiler kısmında yer alan diatomlar bu bağlamda ekosistem içerisindeki çeşitliliklerinde, sayısında ve dağılımında gerçekleşecek farklılıklar ile ekosistemdeki diğer bütün canlıları direkt veya dolaylı olarak etkileyeceklerinden dolayı, oldukça önemli bir fitoplanktonik gruptur. Diatomlarda tür düzeyinde belirleme yapmak ciddi uzmanlık gerektiren bir alan olduğundan dolayı, konvansiyonel yöntemlere göre metabarkodlama yöntemi ile ortamda bulunan türlerin biyoçeşitliliğini daha kısa sürede, daha az maliyetle ve daha az iş gücüyle belirlemek mümkündür. Ekosistemdeki diatom biyoçeşitliliğinin ve bolluğunun belirlenmesi amacıyla metabarkodlama yöntemi ve devamında Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisinin kullanımı ile maksimum tür sayısının elde edilmesi sağlanmıştır. Kloroplasta sahip organizmalarda barkod bölgesi olarak en yoğun kullanılan bölge, ribuloz-1,5-bifosfat karboksilaz-oksijenaz (rbcL) bölgesidir. Bu tez çalışmasında, diatomlar için spesifik tasarlanmış rbcL primeri ve metabarkodlama yönteminin kullanımı ile hem diğer bitki gruplarından hem de kendi içerisindeki fitoplanktonik gruplar arasında ayrıma gidilerek tür düzeyinde tespit edilmesi sağlanmıştır. Birbirinden farklı üç istasyonda gerçekleştirilen çalışmada OTU listeleri oluşturulmuştur, birinci istasyonda 106 cins ve 259 tür, ikinci istasyonda 105 cins 239 tür, üçüncü istasyonda ise 67 cins 139 tür ile eşleşme sağlanmıştır. Bütün bir süreç, araziden, laboratuvara ve son olarak bilgisayarda verilerin işlenmesine kadar bir sonraki çalışmalara da yardımcı olması açısından bir iş akışı oluşturulmuştur.