Kronik delta hepatitli hastalarda, HDV RNA tüm genomunun interferon tedavisi süresince, 'Ultra deep sequencing' yöntemiyle analizi
Özet
Hepatit Delta Virüsünün yol açtığı Delta hepatiti en hızlı ilerleyen ve en saldırgan viral hepatit olarak tanımlanmaktadır. Kronik HDV enfeksiyonunun tedavisi çok sınırlıdır ve çoğunlukla ilerleyen siroz ve artan mortalite oranlarıyla karakterizedir. Enfeksiyonun spesifik bir tedavisi yoktur ve bu amaçla interferon kullanılmaktadır. Çalışmamızda HDV ile enfekte hastaların tedavilerinin takibi sürecinde alınan farklı serum örneklerinden elde edilen Hepatit Delta virüs havuzundaki viral varyantların yüksek duyarlılıkla tespit edilmesi amaçlanmıştır. Böylece tedavi öncesi, sırası ve/veya sonrasındaki viral varyasyon profillerinin belirlenebilmesi, ayrıca viral tedavi altındaki evrimsel sürecin araştırılması amaçlanmıştır. Ortaya çıkan varyasyon profilleri ile hastalardaki klinik seyirin karşılaştırılması ile varyasyonlarla hastalık arasında ilişki araştırmak da çalışmanın bir diğer amacıdır. Bu amaçla çalışmada Roche GS Junior 454 "Ultradeep Pyrosequencing" (UDPS) sistemi kullanılmıştır. HDV viral genomu 5 farklı amplifikasyonla, çoğaltılan fragmanlar örtüşecek şekilde tüm genom olarak çoğaltılmıştır. Çalışma süresince toplam 11 hastanın farklı tarihlerdeki 32 adet serum örneğinde dizileme yapılmıştır. Tedaviye yanıt verenler ile yanıt vermeyen veya nükseden hastalardaki varyasyonlar karşılaştırıldığında 267, 269,270, 569, 928 ve 929 nolu pozisyonlarda farklılıklar gözlenmiştir. Tedaviye yanıt verenler ile nüks edenler tek başına karşılaştırıldığında ise bu nükleotidlere ek olarak 227 ve 750. nükleotidlerde de anlamlı farklılıklar gözlenmiştir. Ayrıca her 3 grup karşılaştırıldığında viral genomun 425-430 numaralı bazlarını içeren bölgede patern şeklinde farklılık gözlenmiştir. Bu konuda yapılacak daha geniş kapsamlı çalışmalar, tespit edilen varyantların HDV enfeksiyonlarında ve tedavisindeki önemi ve klinik anlamının aydınlatılmasına katkı sağlayabilir.