Değişken alan jel elektroforezi yöntemi ile salmonella serotiplerinin tanısı
Özet
Bu çalışmada Türkiye?den izole edilen ve tanımlanan Salmonella serotiplerinde, genetik farklılığın analizinde değişken alan jel elektroforezi (PFGE) yönteminin ülkemiz şartlarındaki kullanım olanakları araştırılmıştır. DNA?ları XbaI Fastdigest restriksiyon endonükleazı ile kesilerek PFGE analizi gerçekleştirilen 98 adet DMC kodlu Salmonella serotipi, evrensel standart suş S. Braenderup H9812 baz alınarak 36 farklı PFGE profil grubuna ayrılmıştır. Her profil grubu kendi içerisinde ve diğer profillerle karşılaştırılarak benzerlik (similarity) matrisleri oluşturulmuştur. Buna göre tüm suşların PFGE profillerinin birbirleriyle en az % 12,6 en fazla % 96,5 oranında benzerlik taşıdıkları tespit edildi. Profillerin filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi için NTSYS pc. ver. 2.2 paket programı ile kümelenme (Cluster) analizi yapılmış ve UPGMA (Unweighted pair group with mathematical averaging) dendogramı çizilmiştir. Elde edilen dendogram ile 98 adet suşun % 75,5?lik kısmı A kolunda; % 24,5?lik kısmı ise B kolunda olmak üzere 2 ana kolda gruplandılrmıştır. S. Bispebjerg suşunun A kolunda diğer suşlardan ayrı olarak tek dalda yer aldığı görülmüş ve çalışmamızda genotipik açıdan en az benzerliğe sahip suş olarak değerlendirilmiştir. En yüksek profil çeşitliliği S. Montevideo serotipinde (% 100) belirlenmiş; S. subsp. I Roughform serotipi S. Enteritidis ile; S. Group C1 serotipi S.Thompson ile yüksek oranda benzerlikler göstermiştir. Bu çalışma ile laboratuvarımızdaki DMC kodlu Salmonella suşları koleksiyonumuzda serotipi belirlenmemiş bulunan DMC 21 kodlu suş S. Infantis profiline (INF 2) sahip bulunmuştur. Ayrıca tiplendirme metotlarının ayrım gücünün tespitinde kullanılan Simpson nümerik ayrımlandırma indeksi, çalışmamız için % 95,6 olarak hesaplanmıştır. S. Corvallis, S. Enteritidis, S. Infantis, S. Group C1, S. Thompson ve S. Virchow suşlarının oluşturdukları PFGE profil gruplarının kendi içlerinde birbirlerine çok yakın oldukları (sırasıyla; % 93,3; % 89,6; % 97,4; % 96,1; % 96,1 ve % 94,1) tespit edilmiştir. Haziran 2013, 78 sayfa Anahtar Kelimeler: Salmonella, Değişken Alan Jel Elektroforezi, Tanı.