Yeni nesil dizileme teknolojisi ile Türkiye’den izole edilen kütanöz leishmaniosis etkeni leishmania infantum’un genom dizisinin çıkarılması
Tarih
2019Yazar
Nalbantoğlu, Ayşe Serpil
Güldemir, Dilek
Bakkaloğlu, Zekiye
Usluca, Selma
Üst veri
Tüm öğe kaydını gösterÖzet
Leishmania subgenus Leishmania, insan ve hayvanlarda deri ve iç organları tutabilen sistemik kronik bir hastalık olan “leishmaniosis” in etkenidir. Hastalık insanlarda genel olarak üç farklı klinik tablo [(visseral, kala-azar, VL) kutanöz (CL) ve mukokutanöz leishmaniosis (MCL)] ortaya çıkmaktadır. Leishmaniosis, Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ)’ne göre hala dünyanın en çok ihmal edilen hastalıklardan biridir. Leishmania tüm genomu dizisinin ilk kez çıkarılmasından bu yana ise sadece 10 yıllık bir zaman geçmiştir. Bununla beraber, doku tropizmindeki farklılıkların nedenleri gibi bilim insanları için hala aydınlatılması gereken birçok şey bulunmaktadır. Bu çalışmada “Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi” ile Türkiye’de kütanöz leishmaniosis olgusundan izole edilen Leishmania infantum’un tüm genom dizisinin çıkarılması amaçlanmıştır.
Genom sekanslama işlemi “Illumina HiSeq 2500” platformunda gerçekleştirilmiştir. Dizileme kütüphanelerini oluşturmak için, “Illumina HiSeq 2500” platformuyla uyumlu “TruSeq Nano DNA Low Throughput Library Prep Kit” kullanılmıştır. Sentez ile dizileme (SBS), HiSeq Rapid SBS Kit v2 ile iki fragmanın uç uca birleştirilmesi ile edilen tek fragman okumaları (2 x 150 bp; PE) şeklinde gerçekleştirilmiştir. Biyoinformatik analizler Geneious 11.0.5. (www.genius.com) platformu ile yapılmıştır.
Çalışmamızda L. infantum’un yüksek kalitede tüm genom dizisi (WGS) başarı ile sekanslanmış ve 36 kromozoma ait toplam 32.009.138 baz çifti büyüklüğünde genomik DNA elde edilmiştir. Ardından elde edilen genomik DNA, National Center for Biotechnology Information, USA, (NCBI) GenBank’a (www.ncbi.nlm.nih.gov) yüklenerek Leishmania infantum_TR01 (Lin_TR01) ismi ile tescillenmiştir. Bu konuda yapılan WGS çalışmaları incelendiğinde, Lin_TR01 suşu kütanöz leishmaniosis olgusundan izole edilmiş olması açısından bir ilktir. Zira referans genom olan L. infantum JPCM5 (Peacock ve ark., 2007) suşu türün klasik doku ve organ tropizmine uygun olarak visseral leishmaniosis olgusundan elde edilmiştir. Diğer yandan Lin_TR01, JPCM5 suşundan bu yana dünya genelinde tüm genomu dizilenen ikinci suş olma niteliğindedir. Lin_TR01 genomu elde edilen diğer genomlar ile karşılaştırıldığında seviye olarak comlete durumda olan tek Leishmania infantum tüm genom dizisidir (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/249).
Lin_TR01 genomunun 36 kromozomuna ait NCBI tarafından verilen accession (erişim) numaraları "CP027807, CP027810, CP027808, CP027811, CP027809, CP027812, CP027813, CP027814, CP027817, CP027818, CP027819, CP027815, CP027821, CP027816, CP027823, CP027820, CP027822, CP027824, CP027825, CP027826, CP027827, CP027828, CP027829, CP027830, CP027831, CP027832, CP027833, CP027834, CP027835, CP027836, CP027837, CP027838, CP027839, CP027840, CP027841, CP027842" şeklindedir. Lin_TR01 genomunun anotasyonu sonucunda 3153 polimorfizm, 8324 Gen, 8199 CDS, 8109 mRNA, 67 tRNA, 11 rRNA ve 58 ncRNA bulunmuştur. Elde edilen 8199 CDS’nin 5278 tanesi hipotetik protein niteliğindedir.
Koleksiyonlar
Aşağıdaki lisans dosyası bu öğe ile ilişkilidir: