Türkiye'de yetiştirlen bazı sığır ırklarında yeni nesil sekans analizi ile toll benzeri reseptör (TLR) 2, 4 ve 6 gen bölgelerindeki varyasyonların incelenmesi
No Thumbnail Available
Files
Date
2015
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Abstract
Sığırlarla ilgili olarak yapılan duyarlılık ve direnç çalışmaları doğal direncin örüntü tanımada anahtar reseptörü olan Toll Benzeri Reseptörler (Toll Like Receptors, TLR) üzerine yoğunlaşmıştır. Sığır genomunda TLR gen ailesinin 10 tane üyesi bulunmaktadır. TLR 2, 4, ve 6 farklı ligandları tanımakla görevli olan hücre yüzey reseptörleridir. Bu çalışmada hastalıklara dirençli olduğu bilinen Yerli Kara (YK, n=20), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK, n=20), Güney Anadolu Kırmızısı (GAK, n=20) ve Boz (BOZ, n=10) olmak üzere 4 yerli ırk ve duyarlı olduğu bilinen Holştayn (HOL, n=10) olmak üzere bir kültür ırkı kullanılmıştır. TLR2, TLR4 ve TLR6 gen bölgelerinin incelenmesi PZR ve yeni nesil sekans analizi (YNS) ile yapılmıştır. Elde edilen YNS dataları biyoinformatik yöntemler kullanılarak incelenmiş ve duyarlı/dirençli hayvanlarda TLR2, TLR4 ve TLR6 gen bölgelerinde bulunan varyantlar belirlenmiştir. Gen bölgelerindeki toplam varyant açısından en fazla varyant GAK ırkında belirlenmiştir. Bu ırkı DAK, YK, BOZ ve HOL ırkları takip etmektedir. TLR2 gen bölgesinde en fazla varyant BOZ ırkında bulunurken TLR4 ve TLR6 genlerinde en fazla varyant GAK ırkında belirlenmiştir. Elde edilen veriler direnç ve duyarlılık ile ilişkilendirilmiş aday varyantlar yönünden karşılaştırılmıştır. Belirlenen bu varyantlara göre ekzonlar açısından haplotipler oluşturulmuş ve ırklar arası haplotip paylaşımları incelenmiştir. Türkiye yerli ırkları Bos taurus kökenli oldukları bilinmektedir ancak incelenen gen bölgelerinde Bos indicus sığırlarına özgü varyantlar belirlenmiştir. Bu varyantların fonksiyon açısından testlerinin yapılması ve elde edilen verilerin genom bankalarına kayıtlarının yapılması planlanmaktadır.
Description
Keywords
hayvanlar, hayvan hastalıkları, sığırlar