Bazı klinik dermatofit izolatlarını enfekte eden mikovirüslerin belirlenmesi, moleküler olarak nitelendirilmesi ve konakları ile olan etkileşimlerinin incelenmesi
No Thumbnail Available
Files
Date
2024
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
ANKARA ÜNİVERSİTESİ
Abstract
Dermatofitozdan sorumlu en yaygın patojen Trichophyton rubrum (%53,1) olup, bunu T. mentagrophytes (%7,5), Microsporum canis (%6,9), T. tonsurans (%5,6), T. interdigitale (%5,0) ve T. violaceum (%3,8) takip etmektedir. Bu tez çalışmasında klinik dermatofit izolatlarını enfekte eden mikovirüslerin tespit edilmesi, genom dizilerinin tüm veya tüme yakın halde belirlenmesi, moleküler ve filogenetik özelliklerinin ortaya çıkartılması ve konakları ile olan etkileşimleri araştırılmıştır. Dermatofit izolatlarının genomik DNA'ları CTAB yöntemi kullanılarak elde edilmiştir. ITS gen bölgeleri için polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve sanger dideoksi zincir sonlanma yöntemi ile diziler belirlenmiştir. Ardından, diziler BLASTn ile analiz edilerek dermatofitlerin moleküler tür teşhisleri gerçekleştirilmiştir. Dermatofit izolatlarından dsRNA ekstraksiyonu yapılarak virüs ile enfekte örnekler belirlenmiş, cDNA'ya çevrilmiş ve rastgele polimeraz zincir reaksiyonu ile diziler çoğaltılarak, yeni nesil dizileme ile dermatofit fungusu enfekte eden virüslerin dizileri elde edilmiştir. Virüs ile ilişkili dizilerin tüm genomunun elde edilmesi için RNA ligasyonu ve ardından RACE yöntemi kullanılmıştır. Biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilen diziler sonucunda; Lecanicillium aphanocladii'yi enfekte eden iki yeni mikovirüsün tüm genomu ortaya çıkartılmıştır (Lecanicillium aphanocladii polymycovirus 1 ve Lecanicillium aphanocladii negative-stranded RNA virus 1). Morfolojik ve moleküler tür teşhisi çalışmaları sonucunda Lecanicillium aphanocladii'nin neden olduğu ilk dermatofitozun vaka takdimi rapor edilmiştir.
Description
Keywords
Biyoloji, Mikrobiyoloji, Tıbbi Biyoloji