Çeşitli Stres Koşullarında Debaryomyces Hansenii ‘Nin Proteinlerinin Karşılaştırılması
Özet
Debaryomyces hansenii endüstriyel öneme sahip ekstremofilik bir mayadır. Deniz suyu,
peynir, et, şarap, bira, meyve, toprak ve şekerli ürünler gibi düşük su aktivitesine sahip
birçok ortamdan izole edilmiştir. Pek çok gıdanın üretiminde aroma verici ve istenmeyen
mikroorganizmaları yok etmede yardımcıdır. D. hansenii endüstride peynir üretimi, et
fermentasyonu, bazı değerli kimyasalların, litik enzimlerin ve alditollerin üretiminde
kullanılır. Bu projede, Debaryomyces hansenii’nin farklı stres koşullarında çoğalması,
hücre dışı protein üretimi ve protein dağılımını incelemek amacıyla, farklı glukoz
derişimlerinde ve sıcaklıklarda üretimler gerçekleştirilmiştir. D. hansenii, UYM katı ve sıvı
ön çoğalma ortamlarından 1/10 aşılama oranı ile pepton, maya özütü, malt özütü ve glukoz
içeren protein üretim ortamlarına aktarılmıştır. Protein üretimi, çalkalamalı hava banyosunda
(N=150 rpm) gerçekleştirilmiş ve üretim ortamından belirli zaman aralıklarıyla örnekler
alınarak hücre çoğalması spektrofotometrik olarak izlenmiştir. Üretimin 24. ve 33. st’inde
hücre dışı protein derişimi ölçülmüştür. D. hansenii’nin salgıladığı proteinler ileri analizler
için ortamdan izole edilmiş ve 7 cm, pH 4-7 tutuklanmış pH gradyen (IPG) şeritleri ile
birinci boyutta, sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile ikinci
boyutta ayrılmaları sağlanmıştır. Elde edilen jeller Sypro Ruby ile boyanmış, Versa Doc
görüntüleme sistemi ile fotoğraflanmış ve PD-Quest v8.0 programı ile kalitatif ve kantitatif
analizleri yapılmıştır. Bu şekilde ortamlarda farklı ifade olan proteinler ile iki kat artan ve
azalan proteinler belirlenmiştir. Analizi tamamlanan tüm spotlar jelden kesilmiş,
tripsinizasyon işleminin ardından Matriks Yardımcı Lazer Desorpsiyon İyonizasyon
(MALDI) sistemi ile kütle spektrumları elde edilmiştir. Her proteinin kütle spektrumu
Mascot arama motorunda peptid kütle parmak izi yöntemiyle analizlenmiş ve SwissProt veri
tabanıyla eşleşen anlamlı 7 adet protein belirlenmiştir.