Laktik Asit Bakterilerinin 16S rDNA Sekans Analizi İle Tanımlanması
Özet
Laktik asit bakterilerinin (LAB) endüstriyel uygulamaları düşünüldüğünde, araştırmaların en temel amacı kullanılabilecek olan LAB suşlarının seçimidir. Suş bazında güvenilir tiplendirme yöntemleri hem LAB starter kültürlerin performanslarının incelenmesinde hem de fonksiyonel gıda ürünlerinde katkı maddesi olarak kullanılacak olan kültürlerin incelenmesinde önem kazanmaktadır. Bu nedenle, herhangi bir suşun spesifik ve belirgin olarak ayrımını sağlayan güvenilir yöntemlerin uygulanması oldukça önemlidir. Günümüzde, LAB tanımlama/tiplendirme çalışmaları ilgi odağı olan fenotipik yöntemlerden daha kesin ve hassas sonuçlar veren moleküler yöntemlere (genotipik) doğru kaymıştır. Bizler de çalışmalarımızı fenotipik yöntemlerden genotipik yöntemlere kaydırarak TÜBİTAK (106T742 TBAG/HD ve 108T280 TBAG/HD) ve A.Ü. BAP (20050705006HPD, 09H4240001, 09H4240002 ve 10B4240002) tarafından desteklenen projelerimiz ile Mikrobiyal Genetik Laboratuvarımızın Kültür Koleksiyonunda bulunan 148 adet LAB suşu üzerinde moleküler taksonomik çalışmalarımızı devam ettirmekteyiz. Çalışmalarımızdaki genel amacımız; birbirleri ile oldukça benzerlik gösteren laktik asit bakterilerine ait suşların tür-içi ve türler arası seviyede ayrımını sağlamak için farklı genotipik yöntemlerin kullanımı ile elde edilen taksonomik rezolüsyonun değerlendirmesiyle hem daha önce açıklanamayan ya da beklenmeyen sonuçların giderilmesi hem de tanımlama da kullanılabilecek en uygulanabilir yöntemin belirlenmesi yönündedir.PZR teknolojisi ile çoğaltılan 16S DNA genlerinin direk dizi analizi, bilinmeyen bir suşun tek bir basamak ile tanımlanmasında son yıllarda yaygın olarak kullanılan oldukça etkili ve güvenilir bir yöntemdir. TUBİTAK (108T280-TBAG) ve BAP (09H4240001) tarafından desteklenen nolu proje çalışmasından elimizde LAB suşlarına ait 16S rDNA bölgeleri bulunmaktaydı. Çalışmamızda; 16S rDNA PZR ürününün saflaştırılmış ve dizi analizine hazır hale getirilmiştir. 16S rDNA PZR ürününün saflaştırılmasından sonra dizi analizi gerçekleştirilecektir. Dizi analizinden elde edilen veriler uygun veri bankaları ile kıyaslanacak ve sonuçlar LAB lere ait bu suşların tek bir basamak ile tanımlamasında kullanılacaktır.